Francisco Fernández Ballesteros es arquitecto por la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de Granada, con estudios de Postgrado en Urbanística y Ordenación del Territorio y doctorado en la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de Málaga.
Desde 2006 ejerce como arquitecto liberal desarrollando proyectos de edificación y planeamiento urbanístico. Junto a Arturo López Payer dirige El Muelle, estudio de arquitectura con sede en Málaga especializado en proyectos que abarcan las diferentes escalas de la arquitectura, el planeamiento y el diseño.
Su trabajo ha sido reconocido con varios premios del Colegio de Arquitectos de Málaga: mejor vivienda unifamiliar y mejor equipamiento privado en 2009, y mejor vivienda colectiva en 2013.